Una volta dentro, Dory tenta di aiutare Marlin e Nemo a scappare, ma viene accidentalmente lasciata indietro Con la porta del camion chiusa, Dory convince Hank che vivere in libertà non è così male, e questi acconsente ad aiutarla a scappare di nuovo.

Nel frattempo, Marlin e Nemo tentano di salvare Dory e vengono aiutati da un paio di leoni marini, Fluke e Rudder, che li presentano a un'amichevole ma imbranata strolaga di nome Becky che li fa entrare nell'Istituto tramite un secchio. Marlin e Nemo passano per vari espositori prima di ritrovare Dory nel labirintico sistema di tubi dell'Istituto.

così erano scappati dall'Istituto e per anni avevano lasciato scie di conchiglie nella speranza che Dory le trovasse e le seguisse fino ad arrivare a casa Felice di aver ritrovato la sua famiglia, Dory ricorda che deve salvare Marlin e Nemo.

Marlin, ancorché riluttante, accetta di accompagnare Dory. Con l'aiuto di Scorza, Dory, Marlin e Nemo cavalcano la corrente oceanica fino in California Dory poi vaga vicino a un relitto, dove i tre devono sfuggire a un calamaro gigante, che rischia di uccidere Nemo

Dory è una piccola Pesce chirurgo che, un giorno, si ritrova misteriosamente separata dai suoi genitori Passa la sua vita a cercarli, finché non incontra Marlin e parte con lui a cercare suo figlio Nemo.

Nel frattempo, Pippo non riesce a concentrarsi sul suo lavoro alla fabbrica di giocattoli, venendo così licenziato. Avendo frequentato solo tre anni di università decide di tornarci per finire l'ultimo anno di studio e ottenere così una laurea e un nuovo lavoro. Pippo raggiunge allora Max nella sua stessa università

Lavorando insieme dirottano il camion e lo fanno finire nell'oceano, liberando i pesci all'interno Riuniti, Dory, i suoi genitori, Hank, Destiny e Bailey tornano con Marlin e Nemo per vivere una nuova vita nella Grande Barriera Corallina.

Inaspettatamente incontra Alvin che lo aveva pedinato e mentre è distratto a parlare, la strega si risveglia e si libra nel cielo sotto forma di nube, per poi resuscitare gli zombie che escono dalle proprie tombe. Uno di loro, il giudice Hopkins, dice a Norman di fermarsi ma lui non lo capisce.